Wybaczcie nie pamiętam jak to było slowo w slowo.. i nie mam już sily bawic się w porawianie błędów:( Dobranoc1. Kinaza polinukleotydowa: żywcem chyba z zeszlego roku:Który ze zwiazków może byz użyty jako substrat do enzymatycznego znakowania izotopem P32 fragmentu DNA o końcach tępych?a) dATP znakowany P32 w pozycji gb) ATP znakowany w pozycji ac) dGTP znakowany w pozycji ad) [g-P32] -ATPe) [a-P32]-dATP2. Ile klonów przeżyje? Jak wyzejDwie próbki E.coli poddano transformacji plazmidem zawierajacym gen AmpR (opornośc na ampicylinę). Do pierwszej próbko dodano niewielka ilośc pozywki i po 2 min wylano na podłoze z ampicyliną .do drugiej również dodano niewielka ilosc pozywki i wylano na podłoze po inkubacji przez 30 min w 37'C. Który wynik jest najbardziej prawdopodobny?a) szalka z próbką I:300 klonów i szalka z próbka II :300 klonówb) szalka z próbką I:300 klonów i szalka z próbka II :25 klonówc) szalka z próbką I:30 klonów i szalka z próbka II :400 klonówd) szalka z próbką I:0 klonów i szalka z próbka II :300 klonówe) szalka z próbką I:3000 klonów i szalka z próbka II :30 klonów3. Elektroforezaa) ds Dna porusza się tym szybciej im jest krótszeb) liniowe ds. DNA porusza się szybciej niż odpowiadające mu koliste sdDNAc) można rozdzielic w celu preparacji DNAo długości 1007 i 1008 pzd) e)4. Charakterystyka wektora (http://www.geneservice.co.uk/products/cdna/datasheets/Dros_cDNA/clones.jsp)a) wektor może być użyty do transkrypcji in vitro przy pomocy polimeraz fagowychb) zawiera geny markerowec) jest kosmidemd) e)5. Eksperyment restrykcyjny:14µl DNA + 2 wody + 2 r-ru rur enzymem + 2 buforu. Wiedząc ze enzym preferuje 50 mM NaCl można przypuszczac ze w buforze jest a) 50 mM NaClb) 500 mM i inne jaies pierdoly6. Neurospor haploid ma lucyferazę. Krzyzujemy go ze szczepem dzikim bez lucyferazy. Askospory zbadano PCR pod katem obecności lucyferazy. Można przypuszczac ze gen znajdziemy w0%25%50% 75%100 %askospor7. M9a) tylko organiczneb) tylko nieorganicznec) umożliwia hodowle w ściśle zdefiniowanych warunkachd)E)8. FISHgen wystepuje w pojedynczej kopii. W profazie przeprowadzono FISH w cel jego znalezienia. Zaobserwowano:a) 4 pary sygnałowb) 2 blisko siebie położone sygnalyc) 2 pary sygnalówd) 2..e) 4…9. trawienie' konce 5' wystające' nukleaza s1' terminalna transferaza + DTP' jaki będzie charakter końców?Ja dalam ze 3' wystające10. ramiona wektora zastępczego z faga lambda maja 30kb. Ile możę mieć insert?20kb22kb………11. chcemy chcemy plazmidu gen odporności na chloramfenikol. Wektor ma marker amp®. Czego uzyjemy do selekcji klonu z genem odpornic\sci na chloramfenikolamp + erytromycynaamp + chloramfenikolneomycyna +………12. chyba ze 4 restryktazy. a- A i B to izokaudameryb- produkty trawienia przez A i B mogą być ligowa\ne przez ligazę T4c- A i C to izoschizomeryd- produkt ligacji z punktu b może być efektywnie trawiony przez A i B e- …13. student : nie wiem czy czegos nie zamieszamwektor miał amp® i msc w lacZ' tak ze możliwa była ekspresja aktywnego lacZ'. Wklonowano do MSC w ramce odczytu cDNA genu X i w celu przeprowadzenia metagenezy kasetowej enzymem jakimstam wycieto ze srodka 35-nukleotydowy fragmentOddielono to elektroforetycznieFosfataza defosforylowano konceSyntetyczny oligonukleotyd prosto z syntezy (czyt nieufosforylowany) dodano i zlitowanoTransformacja i selekcjaa- klonow bylo zaskakujaco malo - 1-2% w stosunku do kontroli w ktorej ligacji ulegla sam niedefosforylowany wektorb- klony - rekombinanty byly niebieskiec- nie byly niebieskied- ...e- ...14. Anemia sierpowtadziecko z 25% prawdopodobienstwem będzie mialo anemie badanie u rodziców musialo wykazac:fragment 1.3 u jednego i 1,1 oraz 0,2 u drugiego 1,3 1,1 i 0,2 u obojga1,1 u jednego i 0,2 u drugiego1,1 i 0,2 u obojga…15. mapowanie 3' koncaKtóre czynosci wykonujemy-Uzywany rekombinowanego enzymu o aktywności enzymu uzywanego przez retrowirusy do syntezy dna na rna- denaturacja i elektroforeza dna- ciecie czegos tam nukleaza S1-.. -..16 ukladanie klonow po kolei STS17. chrmosome walking. Które czynności wybierzesz (niektóre) i w jakiej kolejności je ułożysz żeby otrzyn\mac klony reprezentujące odcinek dna o długości 200kb. Na 1 koncu ma być gen A do którego już masz klon i możesz z niego zrobic sonde, na drugim koncu ma być gen odp za nowotwor piersiizolacja ludzkiego dnaizolacja dna E.colisporządzenie biblioteki w fagu lambdacałkowite trawienie dna ecorIczęściowe trawienie dna bamhI w celu otrzymania klonow~ 20kbsporządzenie sondy z A przeszukanie biblioteki i subklonowanie w celu otrzymania innej sondy znow przeszukaniepowtarzamy 2 ostatnie etapy az otrzymamy odpowiednia ilość klonow……………18 knockout genu. Chcemy zrobic nokaut w myszy. Komorki macierzyste którym (no wlasnie. Dla mnie to brzmiało tak jakby mialo znaczyc: ) mamy zamiar znokautowac gen:maja gen tkmaja 1 allel dziki i jeden zmutowanySA odporne na neomycyne……
do pytania z pozywka m9- zawiera ampicyline- zawiera same substnacje organiczne - zawiera same substancje nieorganicznebylo pytanie dotyczace ph 12,35mielismy dna plazmidowe ktore wlaczalismy do ekstraktu komorkowego- ds dna ulegnie denaturacji do jednej nici;- w tym ph koliste dna nie ulegaja dysocjacji- po zakwaszeniu do ph 7.0 dna plazmidowy asocjuje z dna bakteryjnym;- po zkwaszeniu do ph 7.0 dna chromosomalny bakteryjny asocjuje z DNA plazmidowymkolejne pytanie dotyczylo metody dideoksy sangera ;byla podana sekwencja nici matrycowej i pytali jaka bedzie do niej komplementarna;przy wektorze zastepczym wartosci wynosily 8kb22kb20kb40kba jego ramiona lacznie mialy 30 kb - do wektore dodano fragmenty - stworzono biblioteke i pytana jakiej dlugosci beda insertytam z pozywkami chodzilo o to ze najpierw nukleaza tniemy gen kodujacy za odpornosc na ampicyline potem ligujemy go z fragmentami odpowiedizalnymi za kodowaniem odpornosci na erytromycyne i cos tam jeszcze-pytali co musi byc w podlozu zeby wychodowac bakterie ktore beda produkowac zwiazek przeksztalcajacy jedna z tych substancji w nietoksyczna;do knock outu posiada oba allele typu dzikiegodo elektorforezydna posiada ladunek dodatnidna wedruje do katody ujemnejsuperhelikalne porusza sie wolniej niz niciowepytano tez jakie czynnosci maja miejsce tylko przy mapowaniu konca3'z 50 mMmamy 14 ul dna dodajemy 2ul enzymu 2 ul buforu(nacl) i 2 ul czegos jeszcze - jezeli stezenie calego r-ru chyba wynosi 50mM to ile wynosi stezenie wyjsciowe naclprzy rysunku z wektorem - jest kosmiedem- zawiera gen markerowy- mozna stosowac polimerazy faga- mozna go uzyc do tworzenia biblioteki Edytowano przez konwalia dnia 20/06/06Edytowano przez konwalia dnia 20/06/06
przy ukladaniu klonowA - mial sekwencje 1,2,3B- 1,3C - 3,5D - 2,4
Skład pożywki minimalnej M9 dla E. coliskład na 1000 ml pożywkiNa2HPO4 x 12 H2O 15,2 g KH2PO4 3 g NaCl 0,5 g NH4Cl 1 g po wyjałowieniu pożywki trzeba dodać jeszcze jałowe roztwory:1M MgSO4 x 7 H2O 1 ml0,1M CaCl2 1 ml 20% r-r glukozy 10 ml po zmieszaniu wszyskich składników pH pożywki wynosi około 7,0
Odnośnie pytania z pH 12,35:- caly ds dna z komorki ulegnie denaturacji do pojedynczych nici;- w tym ph koliste dna nie ulegaja dysocjacji- po zakwaszeniu do ph 7.0 zdenaturowany dna plazmidowy mozna latwo oddzielic od chromosomu bakteryjnego-po zkwaszeniu do ph 7.0 zdenaturowany dna chromosomalny mozna latwo oddzielic od plazmidowego
biotech_pwr