Opracowanie: Zbigniew Pokora
http://mascot.crystalxp.net/en.id.2992-banana-boy-worm-from-worms.html
Biologia molekularna, sylabus 3 bloku tematycznego
CZĘŚĆ SZCZEGÓŁOWA
· diagnostyka (bezpośrednia w zakresie podstawowym), molekularne podstawy diagnostyki parazytologicznej (testy immunologiczne, techniki molekularne, patrz niżej), molekularne podłoże wirulencji pasożytów, procesy immunologiczne w przebiegu inwazji pasożytniczej. molekularne podłoże lekooporności pasożytów i ich tolerancji na lek;
· podstawy diagnostyki parazytologicznej: gatunek zbiorczy, gatunek polimorficzny, gatunki bliźniacze (ang. sister species, gatunki siostrzane), nomenkulatura binominalna; molekularne podstawy identyfikacji gatunków i epidemiologia molekularna powodowanych przez nie schorzeń; metody immunologiczne – OWD, odczyny aglutynacji bezpośredniej i immunofloorescencji pośredniej (w tym SAFA), odczyn barwny Sabina-Feldmana (Toxoplasma), ELISA, immunoblotting, odczyny immunoenzymatyczne, odczyn transformacji blastycznej limfocytów, próba śródskórna (dotyczy testu Montenegro), immunologiczne badanie kału, techniki molekularne – PCR w wersji standardowej i w modyfikacjach, RAPD; serodem (ang. serodeme, subpopulacje pasożyta zgodne w aspekcie jakości produkowanego antygenu powierzchniowego, przykład strategia zmienności antygenowej Trypanosoma brucei), zymodem (ang. zymodeme, populacje pasożyta zgodne w aspekcie obrazu białek izoenzymatycznych), schizodem (ang. schizodeme, populacje pasożyta zgodne w aspekcie długości fragmentów restrykcyjnych DNA);
WYKAZ OBOWIĄZUJĄCYCH GATUNKÓW (W UKŁADZIE SYSTEMATYCZNYM)
http://www2.cedarcrest.edu/academic/bio/hale/bioT_EID/lectures/malaria-pathogen.html
Trichomonas vaginalis Donne, 1836 – rzęsistek pochwowy
· Stadia cyklu życiowego (wyłącznie trofozoit; cykl prosty - homokseniczny); parazytoza: (rzęsistkowica, trichomonadoza, trichomonadosis, trichomonoza, trichomonosis, trichomonadosomycosis = rzęsistkowica powikłana zakażeniem drożdżakami); diagnostyka bezpośrednia: analiza rozmazów pobranego materiału biologicznego, posiew pobranego materiału na podłożach sztucznych; diagnostyka pośrednia: testy immunologiczne - w ograniczonym zakresie; diagnostyka molekularna: PCR;
· Molekularne aspekty interakcji w układzie pasożyt-żywiciel (UPŻ): metronidazol, szczepy lekooporne, reduktaza flawiny (flavin reductase), dehydrogenaza alkoholowa 1 (alcohol dehydrogenase 1 = ADH1), ssDNA wirus Trichomonas vaginalis (Trichomonas vaginalis virus = TVV), ścieżki aktywacji leku (drug-activating pathways).
Trypanosoma gambiense Dutton, 1902 – świdrowiec gambijski
· Trypanosoma brucei gambiense; stadia cyklu życiowego (trypomastigota, epimastigota; cyklomorfoza, postać metacykliczna; wektor: Glossina palpalis, G. fuscipes, G. tachynoides; cykl złożony, diheteroksenia); parazytoza: trypanosomatoza afrykańska = trypanosomatosis africana, śpiączka afrykańska = ang. African sleeping sickness; diagnostyka bezpośrednia: analiza cienkiego rozmazu krwi i płynu mózgowo-rdzeniowego (osad), analiza materiału pobranego z szankra lub węzła chłonnego; diagnostyka pośrednia: wybrane testy immunologiczne;
· Molekularne aspekty interakcji w UPŻ: ekspresja policystronowych sekwencji genomu, brak sekwencji promotorowych genów (wyjątki – geny VSG i SL RNA), modyfikacja białek histonowych (life-cycle specific changes in chromatin), epistaza, różnicowanie transkryptomu (differential changes in the transcriptome, stabilizacja/destabilizacja mRNAs), wybiórcza kontrola translacji (differential regulation of translation, ciała P, granule stresu), kontrola proteasomu (differential changes in protein stability and autophagy).
Trypanosoma rhodesiense Stephens et Fantham, 1910 – świdrowiec rodezyjski
· Trypanosoma brucei rhodesiense; stadia cyklu życiowego (patrz Trypanosoma gambiense; wektor: Glossina morsitans, G. swynnertoni); parazytoza, diagnostyka – patrz Trypanosoma gambiense.
Leishmania spp.
· Leishmania donovani s. lato, L. donovani s. str., L. infantum, L. chagasi, Leishmania tropica complex, L. maior, L. minor, L. aetiopica, L. brasiliensis/mexicana complex; stadia cyklu życiowego (promastigota, amastigota; cyklomorfoza, postać metacykliczna; wektor: samice muchówek rodzajów Phlebotomus i/lub Lutzomyia; cykl złożony, diheteroksenia); parazytoza: lejszmanioza trzewna = leishmaniosis visceralis, ang. visceral leishmaniasis (= VL), potocznie kala-azar; miejski/wiejski wrzód wschodni = ang. urban/rural Oriental sore, postać leproidalna; lejszmanioza amerykańska – bardzo ogólnie: skórno-śluzówkowa (espundia) i skórna; diagnostyka bezpośrednia: analiza materiału pobranego ze śledziony, szpiku kostnego (L. donovani complex) lub analiza materiału pobranego z owrzodzeń (pozostałe gatunki); diagnostyka molekularna: PCR.
· Molekularne aspekty interakcji w UPŻ: Leishmania donovani - białka ABC (ATP-binding cassette transporter protein, subfamily C), białka rodziny A2 (Leishmania donovani A2 family of proteins), wydzielnicze czynniki wirulencji (secreted virulence factors), syntaza bursztynylo-arginianowa (argininosuccinate synthase = LdASS), 27kDa białko błony mitochondrialnej = Ldp27, podjednostka kompleksu COX = trypanosomatid mitochondrial c oxidase), system ubikwitynacji (ubiquityn conjugation system) jako cel terapeutyczny, białka ścieżek indukowania apoptozy (programmed cell pathways = PDP) jako cele terapeutyczne, białka systemu kontroli fałdowania glikoprotein w siateczce śródplazmatycznej (Leishmania endoplasmic reticulum quality control molecules) jako cel terapeutyczny, izomeraza grup tiolowych-dwusiarczkowych (protein disulfide isomerase = LdPDI) jako czynnik wirulencji i cel farmakologiczny; Leishmania brasiliensis/mexicana - moje uwagi jak dla Lamblia intestinalis (Z.P.).
Lamblia intestinalis (Lambl, 1859) Blanchard, 1888 – lamblia jelitowa
· Giardia lamblia (synonim); stadia cyklu życiowego (cysta, trofozoit; cykl prosty - holokseniczny), parazytoza: lamblioza = lambliosis, syn. giardiasis, zespoły – wątrobowo-trzustkowy, dyspeptyczny, rzekomowrzodowy, biegunkowy, alergiczny, gorączkowy, z dominującymi objawami zaburzeń ze strony układu autonomicznego; diagnostyka bezpośrednia: badanie kału (analiza koproskopowa; cysty), analiza rozmazów treści dwunastniczej (trofozoity); diagnostyka pośrednia: badanie kału na obecność koproantygenów;
· Molekularne aspekty interakcji w UPŻ: nie widzę powodu dla wypisywania tu użytecznych technik diagnostyki pośredniej/molekularnej ponieważ ma to być Wasza samodzielna praca z tekstową bazą danych, proszę wykorzystać kombinację prostych słów kluczowych, na przykład immunodiagnosis, molecular diagnosis, antigen w połączeniu z nazwą pasożyta i dokonać wyboru w oparciu o czułość i swoistość opisywanych testów (Z.P.).
Entamoeba histolytica sensu lato – pełzak czerwonki
· Entamoeba histolytica s. str., E. dispar; stadia cyklu życiowego (trofozoit, cysta; cykl prosty - holokseniczny), parazytoza: czerwonka pełzakowa, entameboza (entamoebosis, potocznie – pełzakowica = amoebosis, dysenteria amoebica ang. amoebiasis, amebiasis, ale bywa też amoebiosis; pełzakowica jelitowa – bezobjawowe nosicielstwo, objawowa nietypowa, postać z zaparciem lub biegunką, postać ostra dyzenteryczna, pełzakowica narządowa – wątrobowa, płucna, skórna, innych narządów); diagnostyka bezpośrednia: badanie kału (analiza koproskopowa), rektoskopia; diagnostyka pośrednia: badanie kału na obecność koproantygenów, testy seroimmunologiczne; diagnostyka molekularna: PCR;
· Molekularne aspekty interakcji w UPŻ: moje uwagi jak dla Lamblia intestinalis (Z.P.).
Naegleria fowleri Carter, 1970
· Pełzaki grupy limax (ang. limax aoebae) – określenie nieprecyzyjne i nieuzasadnione, lepszym pomysłem jest stosowanie terminu – pełzaki amfizoiczne; stadia cyklu życiowego (cysta, trofozoit wiciowy, trofozoit pełzakowy; cykl prosty - holokseniczny); parazytoza (neglerioza = naegleriosis, pierwotne pełzakowe zapalenie opon mózgowych i mózgu = ang. primary amoebic meningoengoencephalitis, PAM, MEAP = meningoencephalitis amoebica primaria); diagnostyka bezpośrednia: analiza rozmazu płynu mózgowo-rdzeniowego; diagnostyka pośrednia i molekularna: biochemiczna/molekularna analiza płynu mózgowo-rdzeniowego;
· Molekularne aspekty interakcji w UPŻ: efekt cytopatyczny (cytophatic effect = CPE), fosfolipaza A i B, neuraminidaza, elastaza, białko podobne do perforyny (perforin-like protein), białko cytopatyczne (cytophatic protein), konkawalina A, hsp70, 60 kDa białko wiążące fibronektynę, negleriaporyny (naegleria pores A, B), proteazy, kwaśne hydrolazy, enzymy fosfolipolityczne, fosfolipaza, 30 kDa-, 128 kDa- i 170 kDa proteinazy serynowe, wirulencja szczepu.
Acanthamoeba spp.
· Acanthamoeba astronyxis, A. castellanii, A. culbertsoni, A. polyphaga, A. hatchetti, A. healyi, A. rhysodes; stadia cyklu życiowego (cysta, trofozoit pełzakowy; cykl prosty - holokseniczny); parazytoza: akantameboza = acanthamoebosis, ziarniniakowe zapalenie mózgu = ang. granulomatous amoebic encephalitis, GAE, EAG = encephalitis amoebica granulomatosa; diagnostyka bezpośrednia: analiza pobranego materiału (treść jam nosa, gardła, ucha zewnętrznego, zeskrobiny rogówki, płyn mózgowo-rdzeniowy), badania autopsyjne (preparaty histopatologiczne); diagnostyka pośrednia: testy seroimmunologiczne; diagnostyka molekularna: PCR;
· Molekularne aspekty interakcji w UPŻ: chitosan, bariera krew-mózgowie (blood-brain barrier = BBB), system podaży leku (drug delivery system), mikrosfery, rokitamycyna;
Plasmodium spp. – zarodziec
· Plasmodium vivax, P. malariae, P. ovale, P. falciparum; stadia cyklu życiowego (sporozoity, schizonty, merozoity, kryptozoity = hipnozoity, trofozoity = forma pierścienia i późne, gametocyty, gamety, ookineta, oocysta, sporocysta, schizogonia endoerytrocytalna i egzoerytrocytalna, sporogonia, gametogonia; cykl złożony, diheteroksenia); parazytoza: zimnica (plasmodiosis, malaria), malaria tertiana, malaria quartana, malaria tropica – w tym: postaci mózgowa, biegunkowa, krwotoczna; diagnostyka bezpośrednia: analiza grubego i cienkiego rozmazu krwi, plamki: Schuffnera, Maurera, Ziemanna, test QBC (fluorescencyjne barwienie warstw próby krwi wydzielonych przez wirowanie), badania autopsyjne; diagnostyka pośrednia: szybki test z przeciwciałami monoklonalnymi, po wykonaniu testu konieczna analiza mikroskopowa celem określenia gatunku pasożyta; diagnostyka molekularna: PCR;
· Molekularne aspekty interakcji w UPŻ: lekooporność (drug resistance), wielolekooporność (multidrug resistance), szczepy lekooporne, szczepy wrażliwe (S) w skali RI do RIII, chlorochina, pyrimetazamina/sulfodoksyna, proguanil, meflochina, Plasmodium falciparum, reduktaza dihydrofolianowa = DHFR, syntetaza dihydropteryminowa = DHPS, PfCRT = Plasmodium falciparum chloroquine resistance transporter, geny – dhfr, dhps, pfcrt i ich mutacje.
Toxoplasma gondii Nicolle et Manceaux, 1908
· Stadia cyklu życiowego (oocysta ze sporozoitami, psudocysta z tachyzoitami = endozoitami, cysta z bradyzoitami = cystozoitami, endodyogenia, antropozoonoza; cykl złożony, diheteroksenia, pasożyt polikseniczny); parazytoza: toksoplazmoza (toxoplasmosis), toksoplazmoza: nabyta, wrodzona, oczna, u osób z osłabioną odpornością, neurotoksoplazmoza; diagnostyka bezpośrednia: badanie płynu owodniowego (obecność trofozoitów Toxoplasma gondii), badanie bioptatów, badania autopsyjne; diagnostyka pośrednia: serokonwersja, miana IgM, IgG, IgA, testy serologiczne (ELISA, odczyn immunofluorescencji pośredniej, odczyn Sabina-Feldmana), badanie płynu owodniowego (obecność swoistych przeciwciał), badanie krwi pępowinowej (zwiększona liczba eozynofilów i aktywności gamma-glutamylotranspeptydazy, obecność swoistych IgM), interpretacja wyników badania serologicznego trudna z uwagi na powszechne występowanie dodatnich odczynów serologicznych, techniki obrazowania wykorzystywane zwłaszcza w ustalaniu zmian płodu i w neurotoksoplazmozie, angiografia fluoresceinowa pomocna w rozpoznawaniu satelitarnych ognisk w toksoplazmozie ocznej; diagnostyka molekularna: PCR;
· Molekularne aspekty interakcji w UPŻ: sekrecyjne polimorficzne kinazy serynowo-treoninowe, białka ROPs, INFγ, makrofagi, GTPazy związane z odpornością (immunity-related GTPases = IRGs).
http://www.cab.unimelb.edu.au/cab_schisto.htm
PRZYWRY DIGENETYCZNE
Paragonimus westermani (Kerbert, 1878) – przywra płucna
· Stadia cyklu życiowego (jajo, miracydium, sporocysta, redia macierzysta, redia potomna, cerkaria, mtacerkaria, postać hermafrodytyczna; żywiciel pokoleń partenogenetycznych: ślimaki rodzajów Semisulcospira, Brotia, żywiciel metacerkarii: duże skorupiaki; cykl złożony, triheteroksenia); parazytoza: paragonimoza = paragonimosis, ang. paragonimiasis, the Oriental lung fluke infection; diagnostyka bezpośrednia: badanie kału (analiza koproskopowa), plwociny; diagnostyka pośrednia: odczyny immunologiczne; diagnostyka molekularna: PCR;
· Molekularne aspekty interakcji w UPŻ: produkty wydzielniczo-wydalnicze (excretory-secretory products = ESPs), NO, PKC, mikroglej, MAPKs, p38, JNK, ERK, NFkB, iNOS, p-CREB.
Schistosoma spp.
· Schistosoma haematobium, S. mansoni, S. japonicum, stadia cyklu życiowego (jajo, miracydium, sporocysta macierzysta, spotocysta potomna, cerkaria, schistosomula, postać dorosła pokolenia rozmnażającego się obupłciowo; żywiciel pokoleń partenogenetycznych: zależnie od gatunku, ślimaki rodzajów Bulinus, Biomphalaria, Oncomelania; cykl złożony, diheteroksenia, angiohelminty); parazytoza: schistosomoza = schistosomosis, ang. schistosomiasis haematobium, schistosomiasis mansoni, schistosomiasis japonicum, bilharcjoza = bilharziosis – błędnie, archaizm; diagnostyka bezpośrednia: badanie moczu (S. haematobium) lub kału (pozostałe gatunki), rektoskopia (schistosomoza jelitowa); diagnostyka molekularna: PCR;
· Molekularne aspekty interakcji w UPŻ: temat 13: molekularne podłoże włóknienia, geny kolagenów, TIMPs, MMPs, ziarniniaki; temat 12: proszę temat zadania opracować samodzielnie wykorzystując prostą kombinacje słów kluczowych – Schistosoma i vaccine (Z.P.).
http://www.stanford.edu/class/humbio103/ParaSites2004/Taeniasis/index.htm
TASIEMCE
Diphyllobothrium latum (Linnaeus, 1758) – bruzdogłowiec szeroki
· Stadia cyklu życiowego (jajo, koracydium, onkosfera, procerkoid, plerocerkoid = sparganum, adultus; żywicielstwo parateniczne; wikariat parazytologiczny; cykl złożony, triheteroksenia, pasożyt polikseniczny); e...
miloszlo